Laureato in Giurisprudenza e in Economia e commercio, Avvocato, Filippo Bongiovanni lavora nel settore pubblico dal 1980.

Dal 1 ottobre 1980 al 22 ottobre del 2006 è stato in servizio presso il Corpo della Guardia di Finanza, dove ha svolto varie funzioni:

• attività di formazione presso reparti di istruzione;
• attività di verifica fiscale presso Nuclei di Polizia Tributaria;
• comando di reparti territoriali;
• componente di Commissione d'accesso in ente locale, ai sensi della normativia antimafia.

Negli anni successivi ha ricoperto il ruolo di dirigente del settore Polizia locale della provincia di Lodi, comandante del Corpo di Polizia, e dirigente del settore Tutela territoriale e ambientale e Protezione civile della Provincia di Lodi.

Dal 1 giugno 2010 al 30 settembre 2015 è stato dirigente di Regione Lombardia dove ha svolto i ruoli di Direttore di funzione specialistica dell’UO Sistema dei controlli e Coordinamento organismi indipendenti e di Direttore della direzione centrale Legale, controlli, istituzionale e Prevenzione della corruzione. Dal primo ottobre 2015 è stato nominato Direttore Generale di Éupolis Lombardia.